תלמיד דוקטורט חייב, בנוסף לכתיבת המחקר, להשתתף בפעילות לימודית בהיקף של 12 נ"ז לפחות, להלן "תכנית הקורסים". תכנית הקורסים תאושר על ידי הוועדה המלווה בעת אישור הצעת המחקר ותועבר לרשות לתלמידי מחקר. תלמיד יכול להתחיל להשתתף בקורסים עוד לפני אישור הוועדה המלווה, באישור המנחה, אך עליו להביא בחשבון כי הוועדה רשאית להוסיף קורס/ים שלהערכתה יתרום/מו ללימודי הדוקטורט. תלמיד מחקר הלומד בקורס יידרש לעמוד בכל החובות המוטלות על תלמידי אותו הקורס. תלמיד מחקר יוכל ללמוד קורס/ים גם במוסד אקדמי אחר, בהיקף שלא עולה על 4 נ"ז. השתתפות בכינוסים (סבילה או פעילה) לא תוכר במסגרת תכנית הקורסים.
תלמידי מחקר המתחילים את לימודיהם משנה"ל תשפ"ד ואילך ישלימו את תכנית הקורסים עד תום השנה השלישית מיום קבלתם ללימודי דוקטורט. תלמידי מחקר שהחלו לימודיהם קודם לכן ישלימו את תכנית הקורסים עד תום השנה הרביעית ללימודיהם.
תכנית הקורסים תורכב מקורסים הקשורים לנושא המחקר הייחודי של התלמיד והנחוצים למחקרו, קורסי חובה חוגיים (במידה וקיימים), ובכללם קורסי מיומנויות.
קורסי החובה החוגיים ייחשבו כחלק מ-12 הנ"ז או כתוספת להן, בהתאם להחלטת היחידה האקדמית.
במסגרת קורסי המיומנויות יילמדו שניים מתוך שלושת סוגי הקורסים הבאים (כל אחד בהיקף 2 נ"ז ולא יותר מ-4 נ"ז בסך הכל): סמינר דוקטורנטים במסגרת המחלקה/המכון/הפקולטה; סמינר מחלקתי; קורסי כישורים אקדמיים.
שימו לב - יחידה אקדמית (פקולטה / חוג) עשויים לסייג כללים אלו.
המנחה והוועדה המלווה יכולים להמליץ על פטור מחלק מתכנית הקורסים. המלצתם המנומקת תיבחן על ידי הרשות לתלמידי מחקר.
הציון מינימלי בקורס הנדרש במסגרת תכנית הקורסים:
מדעים עיוניים: 80; מדעים ניסויים: 75
ממוצע מינימלי בין הקורסים:
מדעים עיוניים: 85; מדעים ניסויים: 80
אנא שימו לב להבדל בין "תכנית קורסים", שהיא רב שנתית, לתכנית לימודים שנתית, שהיא רשימת הקורסים אליהם אתם נרשמים בשנת לימודים מסוימת. במסגרת זו שימו לב לקורסים שאינם בהכרח מוצעים מדי שנה בשנה.
תלמיד שתכנית הקורסים שלו אושרה על ידי הוועדה המלווה והוא מבקש לשנותה, יגיש בקשה לעשות כן. יש להגיש את הבקשה על גבי הטופס להלן, כשהיא מאושרת על ידי המנחה והוועדה המלווה ובצירוף תכנית הקורסים שאושרה:
לימודים טרומיים, הנדרשים מתלמיד המתקבל כ"מתמחה למחקר", או המוגדרים כך ביחס לתלמיד שלב א', אינם כלולים במכסה הנדרשת בתכנית הקורסים.